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防护鞋套和隔离鞋套都是用于保护脚部安全的用品，但它们之间存在一些区别。
1、防护鞋套通常是为了防止液体、化学物质或其他有害物质接触到鞋子和脚部而设计的，它们通常是由防水、防化学物质的材料制成，可以为脚部和鞋子提供额外的保护，防护鞋套通常适用于需要长时间穿着鞋子进行工作的场合，如实验室、医疗设施或化学工业等。
2、隔离鞋套则更多地用于隔离细菌和病毒等微生物，以防止它们通过鞋子传播，它们通常由透气性和防护性材料制成，以保持脚部清洁并减少微生物的传播，隔离鞋套通常用于医疗场所，如医院和诊所等。
至于防护鞋套是否套在防护服外面，这取决于具体的防护要求和工作环境，在某些情况下，防护鞋套可以套在防护服外面，以确保鞋子和脚部得到充分的保护，在其他情况下，可能需要将防护鞋套穿在防护服内部，以确保整个防护装备的有效性和完整性。
选择适当的防护装备并正确使用它们非常重要，以确保工作人员的安全和健康，建议根据具体的工作环境和需求选择合适的鞋套和防护服，并遵循相关的安全指南和使用说明。